Jedrska magnetna resonanca visoke ločljivosti

Osnovni cilj predmeta je študente vpeljati v praktično delo z naprednimi eksperimenti jedrske magnetne resonance (NMR) visoke ločljivosti, kot najzmogljivejše metode za določanje strukture in dinamike molekul v tekočini. Študenti spoznajo moderne NMR pristope pri študiju makromolekul in molekularnih kompleksov. Seznanijo se s praktičnim delom na vrhunsko opremljenem NMR spektrometru in dobijo vpogled v najnovejše aplikacije NMR visoke ločljivosti. Študenti imajo možnost učenja in uporabe NMR tehnik visoke ločljivosti pri reševanju konkretnih problemov njihovih doktorskih projektov.

/

• Večdimenzionalna pulzna zaporedja • Študij strukture makromolekul in molekularnih kompleksov • Študij medmolekularnih interakcij • Študij konfomacijsko fleksibilnih molekul • Določanje dinamičnih lastnosti molekul in molekularnih sistemov • Strukturno podprto načrtovanje novih učinkovin • Izbrani primeri uporabe NMR spektroskopije visoke ločljivosti v biofiziki, strukturni, organski, medicinski kemi • Izbrani primeri uporabe NMR spektroskopije visoke ločljivosti v farmacevtski industriji

Znanje in razumevanje:
• o širokih možnostih uporabe modernih metod NMR spektroskopije visoke ločljivosti pri reševanju razvojno raziskovalnih nalog v akademski ali gospodarski sferi
• o zmogljivosti in omejitvah sodobnih NMR metod pri študiju strukture in dinamike molekularnih sistemov v tekočini
• o uporabi eksperimentalno pridobljene informacije o molekularni strukturi in dinamiki pri reševanju raziskovalnih problemov
• za delo na vrhunski eksperimentalni NMR opremi z visokimi magnetnimi polji in tehnologijo hladnih sond.

• C. P. Slichter: Principles of Magnetic Resonance, Springer-Verlag. Third Edition 1992.Katalog E-gradivo
• J.Cavanagh, W.J. Fairbrother, A.G. Palmer III, M. Rance, N.J. Skelton: Protein NMR Spectroscopy, Elsevier, Second edition 2007. Katalog E-gradivo
• O. Jardetzky, J.F. Lefevre: Dynamics and the Problem of Recognition in Biological Macromolecules, Nato ACI Series, Series A: Life Sciences Vol. 288, 1996 . E-gradivo
• Novejša znanstvena literatura.

Projektna naloga in ustni izpit (50/50). Projektno nalogo študent odda v pisni obliki in jo ustno predstavi. Pogoj za pristop k ustnemu izpitu je pozitivna ocena iz projektne naloge.

Redna profesorica za področje materialov na Univerzi v Novi Gorici.

1.SIMČIČ, Mihael, SOSIČ, Izidor, HODOŠČEK, Milan, BARRETEAU, Hélène, BLANOT, Didier, GOBEC, Stanislav, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. The binding mode of second-generation sulfonamide inhibitors of MurD : clues for rational design of potent MurD inhibitors. PloS One, ISSN 1932-6203, 2012, vol. 7, iss. 12, str. 1-15, e52817, doi: 10.1371/journal.pone.0052817. [COBISS.SI-ID 5145882]

2.MAVROMOUSTAKOS, Thomas, DURDAGI, Serdar, KOUKOULITSA, Catherine, SIMČIČ, Mihael, PAPADOPOULOS, Manthos G., HODOŠČEK, Milan, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. Strategies in the rational drug design. Current Medicinal Chemistry, ISSN 0929-8673, 2011, vol. 18, no. 17, str. 2517-2530, [COBISS.SI-ID 4671770]

3.SIMČIČ, Mihael, HODOŠČEK, Milan, HUMLJAN, Jan, KRISTAN, Katja, URLEB, Uroš, KOCJAN, Darko, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona. NMR and molecular dynamics study of the binding mode of naphthalene-N-sulfonyl-D-glutamic acid derivatives: novel MurD ligase inhibitors. Journal of Medicinal Chemistry, ISSN 0022-2623, 2009, vol. 52, no. 9, str. 2899-2908. [COBISS.SI-ID 4121626]

4.POTAMITIS, Konstantinos, ZERVOU, Maria, KATSIARAS, Vassilis, DURDAGI, Serdar, PAPADOPOULOS, Manthos G., HAYES, Joseph M., GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, KYRIKOU, Ioanna, ARGYROPOULOS, Dimitris S., VATOUGIA, Georgia, MAVROMOUSTAKOS, Thomas. Antihypertensive drug valsartan in solution and at the AT1 receptor : conformational analysis, dynamic NMR spectroscopy, in silico docking, and molecular dynamics simulations. Journal of Chemical Information and Modeling, ISSN 1549-9596. , 2009, vol. 49, no. 3, str. 726-739. [COBISS.SI-ID 4115994]

5.AVBELJ, Franc, GOLIČ GRDADOLNIK, Simona, GRDADOLNIK, Jože, BALDWIN, Robert Lesh. Intrinsic backbone preferences are fully present in blocked amino acids. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, ISSN 0027-8424, 2006, vol. 103, no. 5, str. 1272-1277. [COBISS.SI-ID 3425306]