Mikrobiologija in geomikrobiologija I

Cilji in kompetence

Z napredkom naravoslovnih znanosti v zadnjih letih se je izkazalo, da je veliko procesov v podzemlju tesno vezanih na mikrobioto. Ob koncu tečaja je študent sposoben razlikovanja med mikroskopskimi oblikami življenja, zna ovrednotiti vpliv in vlogo mikrobiote v podzemlju (npr. nastajanje mineralov) ter njihovo vrstno pestrost, spozna se z indikatorskimi vrstami, ki kažejo na organsko obremenjenost podzemlja, ter dobi vpogled na mikroorganizme, ki so nevarni za človekovo zdravje pri raziskovalnem delu v podzemlju.

Pogoji za vključitev v delo oz. za opravljanje študijskih obveznosti

/

Vsebina

• Mikrobna diverziteta v podzemlju
• Geomikrobiologija in ekološke interakcije v jamah
• Mikrobi in naravni procesi v podzemlju
• Evtrofikacija podzemlja
• Jame kot vir novih vrst mikrobov
• Mikrobi v jamah, povezani s tveganjem za zdravje

Predvideni študijski rezultati

Jamska mikrobiologija je bila nedavno utemeljena kot novo interdisciplinarno področje mikrobiologije, geologije in kemije, ki preučuje mikroskopske oblike življenja v jamah in njihove vplive na tamkajšnje naravne procese. Študent je sposoben samostojne interpretacije (geo)mikrobioloških rezultatov, postavitve ciljanih poskusov, nauči se osnov aseptičnega dela na terenu v jamah in odvzema vzorcev, nauči se uporabe izbranih programskih orodij in aplikacij za analizo podatkov.

Temeljna literatura in viri

• Madigan M. T., Martinko J. M., Stahl D., Clark D. P. 2012: Brock biology of microorganisms. Pearson, cop., Boston.
• White W. B., Culver D. C. 2012: Encyclopedia of Caves. Elsevier, Amsterdam.
• Wilkens H., Culver D. C., Humphreys W. 2000: Ecosystems of the World. Subterranean Ecosystems. Elsevier, Amsterdam.
• Izbrani članki iz znanstvenih revij.

Načini ocenjevanja

Ustni izpit je namenjen ocenjevanju znanja, ki ga študent pridobi na predavanjih ter sposobnosti razumevanja, artikuliranja in podajanja pridobljenega znanja. Pogoj za pristop k izpitu je prisotnost na terenskem delu, krajši pisni izdelek (5-10 strani), s katerim študent obdela določeno ožjo tematiko, ki se lahko navezuje na njegovo doktorsko delo. 50/50

Reference nosilca

Pridruženi profesor za področje mikrobiologije.

Bibliografija:

https://bib.cobiss.net/bibliographies/si/webBiblio/bib201_20211120_230613_a4923235.htmln

MULEC, Janez, OARGA-MULEC, Andreea, HOLKO, Ladislav, PAŠIĆ, Lejla, KOPITAR, Andreja Nataša, ELERŠEK, Tina, MIHEVC, Andrej. Microbiota entrapped in recently-formed ice : Paradana Ice Cave, Slovenia. Scientific reports. 21 Jan. 2021, vol. 11, art. no. 1993, str. 1-12, ilustr. ISSN 2045-2322. https://www.nature.com/articles/s41598-021-81528-6, DOI: 10.1038/s41598-021-81528-6. [COBISS.SI-ID 48378115]

JOHNSTON, Vanessa E., MARTÍN-PÉREZ, Andrea, SKOK, Sara, MULEC, Janez. Microbially-mediated carbonate dissolution and precipitation : towards a protocol for ex-situ, cave-analogue cultivation experiments. International journal of speleology. May 2021, vol. 50, iss. 2, str. 137-155, [21] str. (appendix), ilustr. ISSN 0392-6672. https://scholarcommons.usf.edu/ijs/vol50/iss2/3/, DOI: 10.5038/1827-806X.50.2.2372. [COBISS.SI-ID 61329667]

MULEC, Janez, SIMČIČ, Saša, KOTAR, Tadeja, KOFOL, Romina, STOPINŠEK, Sanja. Survey of Histoplasma capsulatum in bat guano and status of histoplasmosis in Slovenia, Central Europe. International journal of speleology. Jan. 2020, vol. 49, iss. 1, str. 1-10, [3] str. (appendix), ilustr. ISSN 0392-6672. DOI: 10.5038/1827-806X.49.1.2297. [COBISS.SI-ID 45788461]

MULEC, Janez. Phototrophs in caves. V: MOLDOVAN, Oana Teodora (ur.), KOVÁČ, Ĺubomir (ur.), HALSE, Stuart (ur.). Cave ecology. Cham: Springer, 2019. Str. 91-106, ilustr. Ecological studies, Analysis and Synthesis, 235. ISBN 978-3-319-98850-4, ISBN 978-3-319-98852-8. ISSN 0070-8356. https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-319-98852-8_6. [COBISS.SI-ID 44146477]

MULEC, Janez, OARGA-MULEC, Andreea, ŠTURM, Samo, TOMAZIN, Rok, MATOS, Tadeja. Spacio-temporal distribution and tourist impact on airborne bacteria in a cave (Škocjan Caves, Slovenia). Diversity. 2017, vol. 9, iss. 3, str. 1-14, ilustr. ISSN 1424-2818. http://www.mdpi.com/1424-2818/9/3/28/html, DOI: 10.3390/d9030028. [COBISS.SI-ID 41852973]