Mikrobiologija okolja in bioremediacija

Cilj vsebine predmeta je predvsem prepoznavanje in razumevanje vloge mikrobov v biogeokemičnih procesih v različnih ekosistemih. Študentje se seznanijo z osnovnimi principi mikrobiologije in s sodobnimi metodami v mikrobni ekologiji, njihovo teorijo ter praktično uporabo. Pridobljeno znanje daje osnove za razumevanje procesov in sprememb v okolju.
Študentje razvijejo sposobnosti prepoznavanja ekološkega problema in kritičnega razmišljanja o vlogi mikrobov pri onesnaževanju okolja, klimatskih spremembah in ohranjanju zdravega okolja.
Teoretične osnove predavanj bodo dopolnjene z individualnim praktičnim delom v laboratoriju in s samostojnimi predstavitvami seminarskih nalog.
Študentje razvijejo splošne kompetence na področju mikrobne ekologije.

Poznavanje osnovnih znanj biologije

• Osnovni principi mikrobiologije in mikrobne ekologije
• Osnove celične strukture in delovanja
• Novejše metode mikrobne ekologije
• Biodiverziteta mikrobov
• Metabolizmi, rast in regulacija
• Kakovost voda in viri mikrobnega onesnaženja
• Mikrobna ekologija voda
• Mikroorganizmi v prsti in sedimentih
• Osnove podzemne mikrobiologije
• Aero-mikrobiologija
• Mikrookolja in biofilmi
• Mikrobiologija in ekstremna okolja
• Biogeokemija in cikli hranil
• Biotransformacija in biodegradacija

Študentje pridobijo osnovna znanja priprave in izvedbe na vzorčenja v okolju ter analiz za določanje števila, hitrosti rasti in vrstne sestave, ter spremljanje okoljskih dejavnikov.
Znanje lahko študentje uporabijo pri svojem delu za zagotavljanje osnovne higiene in zdravja, preprečevanja okužb in varovanja okolja.
Študentje pridobijo znanja za prepoznavanje in določanje vloge mikrobov:
- v različnih habitatih,
- v različnih biogeokemičnih ciklih,
- pri kroženju snovi v okolju,
- pri določanju kakovosti voda,
- pri razgradnji naravnih organskih in izbranih nevarnih spojin v okolju.

• M. T. Madigan, J. M. Martinko, D. A. Stahl, D. P. Clark: Brock Biology of microorganisms – 13. izdaja (2012), Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings, San Francisco Katalog E-gradivo
• L. Pepper, C. P. Gerba, T. J. Gentry: Environmental Microbiology – 3. izdaja (2015), Academic Press, Elsevier E-gradivo

Predstavitev seminarske naloge (15 %), kolokvij iz vaj (25 %), pisni ali ustni izpit (60 %)

Docentka s področja mikrobiologije.

Raziskovalno delujem na področju ekologije in biodiverzitete kvasovk in filamentoznih gliv, predvsem tistih povezanih z grozdjem, ter proučevanjem potenciala biodiverzitete kvasovk z namenom razvoja biotehnoloških aplikacij. V okviru Centra za raziskave vina sodelujem pri številnih domačih in mednarodnih raziskovalnih ter aplikativnih projektih. Sem mentor doktorskim, dodiplomskim in magistrskim študentom.

DASHKO, Sofia, LIU, Ping, VOLK, Helena, BUTINAR, Lorena, PIŠKUR, Jure, FAY, Justin. Changes in the relative abundance of two Saccharomyces species from oak forests to wine fermentations. Frontiers in microbiology, ISSN 1664-302X, Feb. 2016, vol. 7, str. 1-24. http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2016.00215, doi: 10.3389/fmicb.2016.00215. [COBISS.SI-ID 4142075]

STERNAD LEMUT, Melita, SIVILOTTI, Paolo, BUTINAR, Lorena, LAGANIS, Jana, VRHOVŠEK, Urška. Pre-flowering leaf removal alters grape microbial population and offers good potential for a more sustainable and cost-effective management of a Pinot Noir vineyard. Australian journal of grape and wine research, ISSN 1322-7130, 2015, vol. 21, no. 3, str. 439-450, ilustr., doi: 10.1111/ajgw.12148. [COBISS.SI-ID 3908091]

DASHKO, Sofia, ZHOU, Nerve, TINTA, Tinkara, SIVILOTTI, Paolo, STERNAD LEMUT, Melita, TROŠT, Kajetan, GAMERO, Amparo, BOEKHOUT, Teun, BUTINAR, Lorena, VRHOVŠEK, Urška, PIŠKUR, Jure. Use of non-conventional yeast improves the wine aroma profile of Ribolla Gialla. Journal of industrial microbiology & biotechnology, ISSN 1367-5435, 2015, vol. 42, issue 7, str. 997-1010. http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10295-015-1620-y, doi: 10.1007/s10295-015-1620-y. [COBISS.SI-ID 3433807]

BUTINAR, Lorena, MOHORČIČ, Martina, DEYRIS, Valérie, DUQUESNE, Katia, IACAZIO, Gilles, CLAEYS-BRUNO, Magalie, FRIEDRICH, Josepha, ALPHAND, Veronique. Prevalence and specificity of Baeyer-Villiger monooxygenases in fungi. Phytochemistry, ISSN 0031-9422. [Print ed.], 2015, vol. 117, str. 144-153, ilustr., doi: 10.1016/j.phytochem.2015.06.009. [COBISS.SI-ID 3958267]

BUTINAR, Lorena, FRISVAD, Jens Christian, GUNDE-CIMERMAN, Nina. Hypersaline waters : a potential source of foodborne toxigenic aspergilli and penicillia. FEMS microbiology, ecology, ISSN 0168-6496, 2011, vol. 77, no. 1, str. 186-199, doi: 10.1111/j.1574-6941.2011.01108.x. [COBISS.SI-ID 1882107]

BUTINAR, Lorena, STRMOLE, Tadeja, GUNDE-CIMERMAN, Nina. Relative incidence of ascomycetous yeasts in Arctic coastal environments. Microbial ecology, ISSN 0095-3628, 2011, vol. 61, no. 4, str. 832-843, doi: 10.1007/s00248-010-9794-3. [COBISS.SI-ID 1780731]